L’església del monestir de Sant Miquel de Fluvià és de grans dimensions. Tenim aquesta percepció de seguida que hi entrem. A l’esquerra de la porta d’accés, hi ha una pica baptismal datada dels segles XI-XII que té una tapa de fusta i un tancament de ferro. L’edifici té una nau central i dues laterals. Només entrar, passem per sota del cor sostingut per un arc apuntat. Seguint en direcció a l’absis, hi ha l’altar, flanquejat per dues columnes amb capitells decorats amb motius florals. A les absidioles laterals hi ha dues capelles amb les seves imatges i altars corresponents. Encastades a la paret de l’absis central hi ha quatre columnes unides per arcuacions.